Bersamaan dengan perpindahan tersebut, Bendera Pusaka turut dibawa dan dikibarkan di Gedung Agung.
Ketika Yogyakarta jatuh ke tangan Belanda pada 19 Desember 1948, bendera pusaka sempat diselamatkan oleh Presiden Soekarno dan dipercayakan kepada ajudan Presiden yang bernama Husein Mutahar untuk menyelamatkan bendera itu.
Husein Mutahar lalu mengungsi dengan membawa bendera tersebut.
Untuk alasan keamanan dari penyitaan Belanda, ia melepaskan benang jahitan bendera.
Sehingga bagian merah dan putihnya terpisah, kemudian membawanya dalam dua tas terpisah.
Pertengahan Juni 1949, ketika berada dalam pengasingan di Bangka, Presiden Soekarno meminta kembali bendera pusaka kepada Husein Mutahar.
Ia kemudian menjahit dan menyatukan kembali bendera pusaka dengan mengikuti lubang jahitannya satu persatu.
Bendera pusaka lalu disamarkan dengan bungkusan kertas koran dan diserahkan kepada Soejono untuk dikembalikan kepada Presiden Soekarno di Bangka.
Pada 6 Juli 1949, Presiden Soekarno bersama bendera pusaka tiba dengan selamat di Ibu Kota Republik Indonesia di Yogyakarta.
Pada 17 Agustus 1949, bendera pusaka kembali dikibarkan di halaman depan Gedung Agung.
Pada 28 Desember 1949, sehari setelah penandatanganan pengakuan kedaulatan Republik Indonesia oleh Belanda di Den Haag, bendera pusaka disimpan di dalam sebuah peti berukir dan diterbangkan dari Yogyakarta ke Jakarta dengan pesawat Garuda Indonesia Airways.