Apalagi pada tahun 1959, Karel Doorman kembali berlayar ke sejumlah kota di AS seperti New Port, Rhode Island, Fort Lauderdale, dan Florida sehingga kemampuannya untuk melaksanakan pelayaran jarak jauh makin mumpuni.
Setahun kemudian setelah mempunyai sederet pegalaman berlayar untuk jarak jauh, Karel Doorman pun dikirim ke Irian Barat untuk memperkuat kekuatan militer Belanda.
Pelayaran yang berlangsung secara rahasia itu berlangsung lancar karena kehadiran Karel Doorman di Irian Barat tidak diwarnai upaya pencegatan oleh militer RI.
Dalam pelayaran dari Belanda ke Irian Barat, Karel Doorman dikawal oleh destroyer dan satu kapal tanker.
Untuk menghindari intrik politik dengan Mesir yang merupakan sekutu Indonesia, Belanda punya taktik sendiri.
Karel Doorman dan kapal pengiringnya segaja menghindari Terusan Suez dan memilih berlayar mengitari tanduk Afrika.
Karel Doorman yang saat itu mengangkut pesawat tempur Hawker Hunter sebanyak 12 unit kemudian berlabuh di Freemantle, Australia, dan selanjutnya meneruskan perjalanan final ke Irian Barat.
Tapi setelah mengetahui Indonesia memiliki sejumlah pesawat pengebom Tu-16 KS yang bisa menghancurkan kapal induk dengan hanya menjatuhkan satu bom Kennel, Karel Doorman memilih segera kabur meninggalkan perairan di Irian Barat.
Paska konflik Indonesia-Belanda terkait Irian Barat, Karel Doorman terus dioperasikan oleh AL Belanda.