Ilham Habibie menikah dengan Insana Abdul Adjid pada tahun 1987 di Jakarta.
Resepsi pernikahan keduanya digelar menggunakan Adat Gorontalo, sesuai dengan adat kampung halaman keluarga besar Habibie di Kabila, Gorontalo.
Dari silsilah keluarga, darah Gorontalo yang mengalir dalam diri Ilham berasal dari Eyang buyutnya di Gorontalo yang terkenal sebagai peternak sapi dan kuda, seorang pemangku adat serta tokoh agama yang sangat disegani pada saat itu.
Dari pernikahan Ilham dan Insana, mereka berdua dikaruniai 3 orang anak. (*)