Saat SMA, BJ Habibie kerap datang ke rumah Ainun untuk bertemu dengan ayah Ainun yang terkenal pintar untuk belajar.
Saat itu BJ Habibie tidak menaruh rasa apapun kepada Ainun.
Setelah berada di Jerman, BJ Habibie berkesempatan untuk pulang ke Indonesia dan bertemu Ainun.
Melihat Ainun yang semakin cantik dan beda dengan saat ia masih remaja membuat Habibie jatuh hati.
Saat SMA, BJ Habibie dan Ainun pernah dijodohkan oleh gurunya.
Dalam buku Habibie and Ainun: The Power of Love, Jakarta, 2011, hal. 4, Habibie mengakui, perilakunya saat itu karena Ainun yang satu tingkat di bawahnya mendapat perhatian khusus, seperti juga dirinya, dari Gow Keh Hong.
Guru matematika mereka, Gow Keh Hong sering berkata akan sangat bagus jika anak-anak perempuan lainnya mencontoh Ainun.
Selain itu, guru Gow Keh Hong sering mengatakan bahwa sudah seharusnya keduanya, BJ Habibie dan Ainun, menjadi suami isteri agar keturunan mereka menjadi sangat pintar.
Dan akhirnya perkataan guru Gow Keh Hong terkaburl.
BJ Habibie akhirnya menikahi Ainun pada tanggal 12 Mei 1962 di Rangga Malela, Bandung.