Ia dirawat karena sakit kanker ovarium dan telah menjalani sembilan kali operasi.
"Ainun, tahukah hari ini hari apa?" Habibie bertanya dan Ainun pun mengangguk.
"Hari pernikahan kita selama enam windu atau 48 tahun," ujar Habibie.
Ainun kembali mengangguk sembari tersenyum dan memandang BJ Habibie dengan wajah cerah, tetapi aura sedihnya tetap tidak dapat disembunyikan.
BJ Habibie kemudian mencium bibir Ainun sembari berbisik, "Saya selalu akan mendampingimu di mana pun kamu berada. Jiwa, roh, dan batin kita sudah menyatu dan manunggal sepanjang masa."
Ainun terdiam. Air matanya menetes diiringi senyum.
Demikian penggalan momen yang Habibie tuliskan dalam buku Habibie dan Ainun yang dikutip, Minggu (14/2/2016).
Kejadian berlangsung pada hari Rabu, 12 Mei 2010, tepat pukul 10.00 WIB, di ruang ICCU, tempat Ainun dirawat selama sekian waktu.
Doa Habibie kemudian memanjatkan doa.
"Terima kasih Allah, ENGKAU telah lahirkan saya untuk Ainun dan Ainun untuk saya. Terima kasih Allah, ENGKAU telah pertemukan saya dengan Ainun dan Ainun dengan saya. Terima kasih Allah tanggal 12 Mei 1962 ENGKAU nikahkan saya dengan Ainun dan Ainun dengan saya. ENGKAU titipi kami Bibit Cinta murni, sejati, suci, sempurna dan abadi. Sepanjang masa kami sirami titipanMU dengan Kasih Sayang, nilai Iman, Takwa dan Budaya. Kini 48 tahun kemudian, Bibitt Cinta telah menjadi Cinta yang paling indah, Sempurna dan Abadi. Ainun dan saya bernaung di bawah Cinta milikMU ini dipatri menjadi manunggal sepanjang masa. Manunggal dalam Jiwa, Hati, Batin, Nafas dan semua yang menentukan dalam kehidupan. Terima kasih Allah, menjadikan kami Manunggal kami sepanjang masa. Berilah kami kekuatan mengatasi segala permasalahan yang sedang dan masih akan kami hadapi. Ampunilah dosa kami dan lindungilah kami dari segala pencemaran Cinta Abadi kami," rangkaian doa yang dipanjatkan BJ Habibie.